Sidonie se rozkládá v údolí potoka Vlárky uprostřed Bílých Karpat. Pro svou polohu zůstávalo údolí po dlouhou dobu neosídlené, až v 18. století zde majitel Jan Křitel Illésházy založil sklárnu. Přesto zde stopy lidského pobytu známe už z dřívějších dob.

První známky lidské činnosti v okolí Sidonie souvisí s výskytem radiolaritu ve zdejší oblasti. Na katastru osady se nalezlo také popelnicového pohřebiště patřící mladolužické a slezské fáze popelnicových polí, tedy do 15. až 6. století př.n.l.
Ve středověku se oblast dnešní Sidonie nacházela na neklidné moravsko-uherské hranici, kdy vlárským průsmykem často procházela cizí vojska, proto zde nevzniká trvalé osídlení. Z 16. století sice pochází zmínka o osadě Vlář, která se nejspíše rozkládala v okolí dnešního hostince na Vláře, ta ale existovala jen krátkou dobu.

Až v 18. století se majitel brumovského panství uherský šlechtic Jan Křitel Illésházy rozhodl hospodářsky využít hustých lesů v údolí na uherské hranici a založil zde roku 1788 sklárnu. Tu pojmenoval po své manželce Sidonii hraběnce Bathyány Svatá Sidonie. S provozem huti byla následně po více než století spjata i existence osady, jelikož většina místních obyvatel ve sklárně pracovala. Od svého počátku se vlastníci sklárny zaměřili na výrobu náročného sortimentu zboží. Jednalo se o sklo křídové, tabulové, zelené a také sklo broušené a malované. Roku 1859 pronajal vlastník Brumovského velkostatku Sidonii vídeňskému podnikateli ve sklářství Josefovi Schreiberovi. S rodinou Schreiberů zůstala sklárna spjata po zbytek své existence, pronájmem také začalo hospodářsky nejúspěšnější období místní huti.
Pod správou Schreiberů se sklárna a s ní i osada rozrůstala. Při sčítání lidu roku 1900 bylo zjištěno na moravské straně 36 domů, v nichž žilo 584 obyvatel a na uherské straně továrna (huť, brusírna, vazárna, skladiště) a 3 obytné domy s 32 obyvateli. Sklárna tehdy vyráběla převážně cylindry na lampy, stínidla, nebo soubory křišťálového skla. Majitelem podniku, pod nějž patřily i sklárny ve Svatém Štěpáně a Nemšové byl ve 20. století Vincenc Schreiber. Kvalitní výrobky ze Sidonie se vyvážely hlavně do zahraničí, například i do balkánských zemí a Orientu.

Kvůli zaměření na zahraniční trhy dolehla na sidónskou sklárnu silně I. světová válka, kdy zde došlo k zastavení výroby. Po válce byla sice výroba obnovena, ale slabý odbyt skla během hospodářské krize vyústil v definitivní uzavření skláren v roce 1932. Místní lidé tak přišli o hlavní zdroj obživy a museli si hledat práci jinde, což způsobilo postupný úbytek obyvatel osady. Vlastní budova huti byla zbořena, jako památky na sklářskou minulost zbyly v Sidonii dělnické domy sklářů a spolčené pece dělníků na chleba.

Po válce byla v Sidonii vybudována silnice a v roce 1949 byla celá obec elektrifikována. Po dlouhých jednáních došlo roku 1951 k osamostatnění Svaté Sidonie na mateřské obci Bylnici. Samostatnost ovšem neměla dlouhého trvání, protože v roce 1976 byla obec v rámci vlny integrací připojena k Brumově-Bylnici.

Problémem Sidonie nadále zůstala nezaměstnanost, kdy lidé byli nuceni za prací dojíždět. V 60. a 70. letech se díky zdravému prostředí začal v Sidonii více rozvíjet turistický ruch (populární začala být osada u turistů už na počátku 20. století, kdy se odsud chodilo na Vršatec). Vedle víkendových chat a domků zde vyrostla rekreační střediska pro děti a mládež.

Poslední „dějinnou“ událostí pro Sidonii se stalo rozdělení Československé republiky v roce 1993, kdy se několik občanů české republiky z osady ocitlo v cizím státě. Po jednáních mezi oběma nově vzniklými státy, se ke spokojenosti všech vyřešila i tato situace.