Sidonie se nachází v severní části CHKO Bílé Karpaty. Krajinný ráz má vrchovinný až hornatý charakter. Nejnižší nadmořská výška dosahuje v nivě řeky Vláry a nejvyšší v lesích u Nesázalovce (290–700 m n. m.). Táhlé údolí je ohraničeno rozsáhlými listnatými lesy. Pro svou floristickou a zoologickou hodnotu je území součástí Evropsky významné lokality Vlárský průsmyk. EVL je typ chráněného území zřizovaného v rámci soustavy Natura 2000, jejímž cílem je ochrana rostlin, živočichů a přírodních stanovišť, která jsou z evropského pohledu nejvýznamnější.

Oblast Vlárského průsmyku je typická zachovalostí a dobrou kvalitou lesního společenství. Většinu území pokrývají rozsáhlé květnaté bučiny. V nižších polohách buk ustupuje a vznikají dubohabřiny. Pro bučiny a dubohabřiny je typická vegetace s ostřicí chlupatou. V lesích se vyskytuje celá řada vzácných druhů rostlin a živočichů.

V místních lesích si na své přijdou také houbaři. Každoročně se do zdejších lesů sjíždějí houbaři z celého okolí, aby si naplnili košíky.

Bohatou historii má v revírech Vlárského průsmyku chov jelení zvěře. Tradice založená Antonem Dreherem sahá do konce 19. století, kdy byla vybudována obora Vlára a Kochavec.

Na odlesněných místech se vyskytují pastviny, louky a pole. Mezi ohrožené druhy rostoucí na nelesních stanovištích patří například vstavač kukačka, hadí jazyk obecný nebo kontryhel příjemný. Ze živočichů je na loukách k nalezení mnoho druhů motýlů, brouků či plazů.

Celou vesnicí protéká 7,5 km dlouhý potok Vlárka, který po celé své délce kopíruje státní hranice se Slovenskou republikou. Na horním toku se doposud vyskytuje malá populace raka říčního. Vlárka slouží jako pstruhový chovný potok. Vlévá se do řeky Vláry. Zajímavý je výskyt sekavčíka horského, pro kterého zde byla vyhlášena EVL Vlára. Na březích toku pak hnízdí populace ledňáčka říčního či vydry říční.